La Iglesia de Santa Clara fue construida a mediados del siglo XVI por el hacendado Don Rodrigo Pimentel, La Iglesia y Convento de Santa Clara está ubicado en la calle Padre Billini, Esquina Isabel La Católica, Ciudad Colonial.
La iglesia y convento era dedicado a Santa Ana (devota de Jesucristo), pero tras la llegada de las primeras monjas Clarisas, a Santo Domingo en 1560, pasó a ser conocido como Santa Clara.
El convento de Santa Clara se caracterizaba por ser el único de clausura de Santo Domingo, es decir, las monjas no podían salir de él, y sólo podían comunicarse con el exterior a través de una reja.
Tras la llegada de los franceses en 1796 las monjas Clarisas tuvieron que abandonar el convento y emigrar a Cuba. No fue hasta 1820, cuando las monjas volvieron a establecerse en el convento
En el año 1873 el convento se encontraba en ruinas, pero gracias a la donación de Doña María Francisca de León, las hermanas de la caridad del Cardenal Sancha pudieron reconstruir el monasterio y fundar el colegio Santa Clara el cual se mantiene funcionando.
En el transcurso de los años en 1873, el convento de Santa Clara fue habitado por otras órdenes religiosas, tales como las Carmelitas, las Dominicas y las Hermanas de la Caridad del cardenal Sancha (actualmente).